故事起源于早上的物理化学课,老师要求安装 Gaussian 09 来预测结构数据。当然 Mac 用户是永远得不到关爱的,老师不会给我提供安装包,于是我就在网上探寻一番,发现 Gaussian 09 真的已经太古老了:官方仅仅发行了适用于  MacOS 的 32 位版本。而激进的苹果从 macOS Catalina 开始不再兼容 32 位 App。且网上相关资料较少,我看到了大量求助帖却得不到有效的回复。经过一上午的摸索我终于实现了在 macOS 上优雅的使用 Gaussian 09 与 GaussView 6,在这里记录一下踩坑的路,希望可以帮上各位科研工作者。本篇文章力求简单易懂,各位科研工作者可以大胆地迎难而上。

  首先聊一聊 Gaussian 套件的结构,简单的说是在 GaussView 上作图,然后通过 Gaussian 进行分析运算。最直接粗暴的方法是用 Wine 容器直接安装 Windows 版本的 Gaussian 与 GaussView(我没试过,盲猜性能极低且兼容性很差)。而我这里的结构是:利用 Crossover 容器运行 GaussView 6,导出草图后放入运行在原生 macOS 上的 Gaussian 09 进行运算,实现性能最大化。

先回答几个问题:


    • 为什么我要用 GaussView 6 的 Windows 版本?

      答:我能找到的 GaussView 5 的 Mac 版本是 32 位的,并且找不到 GaussView 6 的 Mac 版本;

    • 我可以在 Crossover 中运行 GaussView 5 吗?

      答:经过各种参数的枚举,所有我能找到的 GaussView 5 版本均无法成功的在 Crossover 中安装,当然这个结论不一定对,您可以自行安装测试;

    • Gaussian 09 需要破解吗?

      答:不需要,但是 GaussView 需要提供一个序列号。


那么,背景铺设完毕,跟着我一起来吧!




1. 材料准备

  • macOS Catalina 以上版本(如果是 Inter 芯片将获得更佳性能,Apple 芯片则需要 Rosetta 2 转译)

  • Gaussian 09M 下载 Mac 文件夹下的 G09M.zip

  • GaussView 6 下载 Windows 文件夹下的 GV6.0.16_win64.exe,记住文件夹下文本文件提供的序列号

  • 需要一些命令基础和反复阅读的双眼

2. 安装 Gaussian 09

  • 解压 G09M.zip 将获得的 gaussian09 文件夹拖入“应用程序”文件夹下(/Users/你的用户名/Applications);

  • 按住 command + 空格 输入 terminal 打开终端(# 后内容为注释,不用输入);

  • 设定权限

    • 输入命令 chmod 750 ~/Applications/gaussian09

  • 设定环境变量

    • 输入命令 vim ~/.zshrc  # macOS Catalina 及以上版本默认终端应该都是 zsh

    • 按 G      # 跳转到末尾

    • 按 shift + 4    # 跳转到行尾

    • 按 a    # 进入编辑模式

    • 按回车,跳转到新的一行

    • 输入 export g09root=/Applications/gaussian09/    # 然后按回车

    • 输入 export GAUSS_SCRDIR=/Applications/gaussian09/Scratch    # 这句命令是配置临时文件夹,然后按回车

    • 输入 source $g09root/g09/bsd/g09.profile

    • 按 esc 键

    • 按 : 键

    • 输入 wq

    • 按回车

    • 确保在英文输入模式下,

    • 关闭终端,在 dock 栏右击 terminal 图标,点退出,确认下方圆点消失

  • 至此,Gaussian 09 安装完毕

3. 安装 GaussView 6

  • 安装 Crossover(这个就各显神通了,我个人安装的是 Crossover 21.2 ,打开需要魔法);

  • 打开 Crossover,选择 安装 Windows 程序;

  • 点击左下角,查看所有应用程序;

  • 选择 科学,技术与数学 --> 生物与化学 --> Palynodata (没有为什么,因为这是试出来的,可以完美运行),点击继续;

  • 选择安装包 --> 下载安装程序 --> 选择之前下载的 GV6.0.16_win64.exe,点击继续

  • 容器使用“新 Windows 10 64-bit 容器”,右边取个名字,然后按继续,就像 Windows 那样安装,记得设桌面图标与文件后缀关联;

  • 安装需要序列号,可以在之前百度云中文本文件找到;

  • 打开运行吧!

4. 协同 Gaussian 09 与 GaussView 6

  • 在 GaussView 6 中绘图,保存到 C 盘下;

  • 打开 Crossover 主程序,选择右边的容器,右击,“打开 C: 盘”,

  • 把文件拷贝到任意文件夹下,例如“文档”文件夹(这里按照“文档”文件夹做演示,其他文件夹改目录即可);

  • 右击文件,用任意文本编辑器打开,将第一行的 %chk=C:\你的文件名.chk 改为 %chk=你的文件名.chk ,或者直接留空

  • 打开终端,输入 cd ~/Documents/

  • 按照需要的方法在终端运行

常见有以下几种,test.gjf是输入文件
g09 < test.gjf > test.out    (信息都输出到test.out里。末尾可以再加上&指令任务在后台运行)
g09 < test.gjf |tee test.out (信息输出到test.out的同时也同时输出到屏幕上)
g09 test.gjf  (输出文件将默认为当前目录下的test.log)

大功告成 





参考资料:

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